Pada awal berdiri, jumlah ruang yang ada yaitu 3 ruang kelas, 1 ruang guru, 1 ruang tata usaha, 1 ruang perpustakaan dan 1 ruang terbuka yang digunakan untuk kegiatan seperti upacara dan olahraga. Dengan 1 orang kepala sekolah, 3 orang staff tata usaha dan 12 orang guru pengampu mata pelajaran.
Didirikiannya SMP Alfa Ali Masykur karena melihat perlunya pendidikan berkualitas yang tidak hanya mendalami ilmu pengetahuan umum namun pendidikan yang terintegrasi dengan pendidikan agama di pondok pesantren. Karena semua lulusan atau produk dari sebuah pendidikan adalah generasi penerus bangsa yang memiliki ilmu pengetahuan dan agama, kecakapan hidup dan akhlaqul karimah yang mampu menjawab tantangan jaman di masa yang akan datang.
Berdirinya SMP Alfa Ali Masykur diprakarsai oleh 3 Tokoh yaitu KH A Rofiq Masykur, Nyai Hj. Istiqomah Masykur dan K. Mukhlas Masykur yang merupakan Putra dan Putri dari KH. Masykur Bin KH. Abu Hamid Bumen, Bumirejo, Mojotengah, Kabupaten Wonosobo.
SMP Alfa Ali Masykur terletak strategis berada di jalan utama jalur Wonosobo – Dieng tepatnya di Desa Bumirejo, dari jalan utama hanya berjarak 50 meter. SMP Alfa berada ditengah komunitas pendidikan paling maju di Kabupaten Wonosobo. Kecamatan Mojotengah menjadi satu-satunya kecamatan yang memiliki jumlah pondok pesantren terbanyak di Kabupaten Wonosobo dan berdiri semua jenjang pendidikan dari PAUD sampai perguruan tinggi.
